第1話 戦いの始まり PILOT

エイリアンとの全面戦争を繰り広げた後の2046年、元兵士のノーランとエイリアンの養女イリサは、ディファイアンスへ。そこでは人類とエイリアンの数種族が存在していた。しかし街では殺人事件が発生し2大勢力の1つのエイリアンに疑いの目が向く。亡くなったローキーパー(法の番人)に代わってノーランは犯人捜しに取り組むが、街を守る防御ネットが何者かに破壊され、凶悪な種族のエイリアンの軍隊が街に迫ってくる。ディファイアンスはその攻撃に耐えられるのか…!?

第2話 地底に眠る都市 DOWN IN THE GROUND WHERE THE DEAD MEN GO

鉱山で爆発が起き、現場に駆けつけるノーラン。防御ネットを破壊した犯人ベンが診療所から脱走し、地下にあるシャフトを爆破したのだ。そのシャフトはかつての都市“セントルイス”につながっていた。ベンはそこで何をしようとしているのか。一方、街ではヴォルジ人との戦いから逃げたキャスティサン人バンディクが、仲間たちによって拷問にかけられる。それを見ていられないイリサはキャスティサン人たちと一触即発に。

第3話 闇に潜む悪魔 THE DEVIL IN THE DARK

ディファイアンスの街で男性2人が立て続けに殺される。現場では巨大アリの変異体“ヘルバグ”の卵のうと攻撃フェロモンが発見される。何者かが“ヘルバグ”を操って2人を襲わせたのだ。ノーランが調べると2人の被害者には、十数年前に意外な接点があった。その頃、イリサは頭の中で起きるフラッシュバックに苦しむことが続く。アイラシエント人であるイリサには種族独自のある運命があって、彼女は未知のパワーに覚醒しようとしていた。

第4話 姉妹の絆 A WELL RESPECTED MAN

デイタクが経営する“ホローズ”で働く大男のバイオマンにケニヤが襲われ、どこかに連れ去られる。バイオマンは戦争中、兵士の身体能力強化のために使われた薬“ブルーグラス”を製造していたが、原料は人間のホルモン。そのためにバイオマンは大勢の人間を捕まえて、ディファイアンスの外にあるラボに連れて行っていた。ノーランがケニヤ捜索のためにデイタクと面会する一方、逃亡したケニヤたちにヴォルジ人が迫ってくる。

第5話 忌まわしい記憶 THE SERPENT'S EGG

2週間に1度、ディファイアンスに立ち寄る長距離バス“ランド・コーチ”がノーランや市長アマンダを乗せて出発。その直後、運転席で爆発が起き、プレストンをリーダーとするグループにジャックされる。目的はアマンダが持つ大金だったが、プレストンはアマンダが“ランド・コーチ”に乗ることを黒幕から知らされていた。片やディファイアンスで“ランド・コーチ”から降りた客を見て、イリサは顔色を変える。その理由は…!?

第6話 戦友 BROTHERS IN ARMS

ノーランは第9師団の戦友で今は賞金稼ぎのエディと偶然再会する。エディはノーランが先に捕まえた、地球共和国で指名手配されている爆弾魔マディスを引き渡すようノーランに頼むが、共和国との取引材料にしたいアマンダはこれを拒む。やがて爆薬を入手したマディスは牢を爆破して脱獄に成功。ノーランはエディが爆薬を与えたと疑うが、まずはマディスを追う。同じ頃、共和国から来た特使はアマンダの元恋人コナーだった。

第7話 神の啓示 GOODBYE BLUE SKY

イリサはスピリットライダーのリーダー、スーカーが、大気圏の外から降ってきた金属片に当たって死ぬビジョンを目撃。イリサとノーランが現地に行くと、本当にスーカーは死んでいた。ノーランは金属片のことを市民に警告しようとディファイアンスに戻るが、葬儀が始まるとスーカーは生き返りイリサと共にディファイアンスへ。スーカーは何か機材を作り始めるが、ノーランはスーカーがディファイアンスを壊滅させようとしていると疑う。

第8話 過去から来た男 I JUST WASN'T MADE FOR THESE TIMES

地上に墜落した宇宙船を調べるノーランは、そこで1人の人間を発見する。彼は2013年の国際宇宙ステーションの事故で亡くなったと信じられてきた司令官、ゴードン・マクリントックだった。伝説の英雄ゴードンが生還したことに興奮するディファイアンスの市民たちだが、ゴードンは異常な行動を取り始める。ゴードンの体にはインドジーン人と同じ銀色の血が流れていた。インドジーン人の医師ユールは知られざる秘密をノーランに明かす。

第9話 封鎖された街で IF I EVER LEAVE THIS WORLD ALIVE

ディファイアンスでウイルス感染を原因とする出血熱が広まる。主に人間が感染して発症し、アイラシエント人は保菌してもあまり感染しないことから彼らに対する偏見が強まり、市議会の決定でイリサらアイラシエント人たちは坑道に隔離される。感染を恐れる地球共和国はディファイアンス一帯を封鎖するが、ノーランは抗ウイルス剤を積んだロケットが封鎖ラインの向こうに到着したと知り、街にいたコナーと抗ウイルス剤の回収に向かう。

第10話 黒衣の花嫁 THE BRIDE WORE BLACK

クリスティとの結婚式の前夜、“欲望の館”ではめを外したアラクは店の壁に穴を空けてしまうが、その穴から白骨化した遺体が見つかる。遺体の正体はかつて“欲望の館”の主だったハンター・ベルらしい。ハンターの妻だったケニヤも姉のアマンダも、何か真実を隠そうとする。やがてハンターを殺害した容疑でデイタクが逮捕されるが、ノーランはそんなデイタクが激昂して真犯人のもとに向かうと直感し、彼をあえて釈放してみるが…。

第11話 波乱の市長選 PAST IS PROLOGUE

ディファイアンスの市長選が始まり、アマンダもデイタクも次期市長の座に立候補する。候補者たちが集まる討論会の日、デイタクがアマンダを暗殺するという情報を得たノーランは、アマンダの命を狙ったと思しき犯人を射殺するが、射殺されたのは無実の人物だった。そのせいでノーランの過去に注目が集まり、追い詰められていく。ノーランはディファイアンスから去ろうと決意するが…。

第12話 破壊者(最終話) EVERYTHING IS BROKEN

ディファイアンスの街で市長選の投票が始まるが、デイタクはようやく妻スターマとケニヤの怪しい関係に気づく。一方、ノーランはかねてから目指していた南極の地に向かおうと、イリサと行動を起こす。ノーランとイリサを始めとする登場人物たちの運命は、そしてディファイアンスと地球共和国の関係はそれぞれどうなるのか。物語は登場人物たちが人生の転換点を迎える、興奮と衝撃のクライマックスへ!