第1話 受難の時 THE OPPOSITE OF HALLELUJAH

地球共和国による占領から9カ月後。開拓地ディファイアンスでは地球共和国から派遣されたポッティンジャーが臨時市長を務めているが、市民の間では地球共和国の支配に対する怒りや憎しみが少しずつ高まっていた。一方、義理の娘イリサが行方不明になったノーランは、彼女を捜そうと西海岸の大都市ロサンゼルスに向かう。

第2話 それぞれの秘密 IN MY SECRET LIFE

ディファイアンスの市場で寄生虫が仕込まれた爆弾がさく裂し、死傷者が出る非常事態が。地球共和国の軍に捕まったイリサを救うべく、ノーランは爆弾事件の犯人捜しに協力するが、捜査のために彼は、人間の内臓をむさぼり食う寄生虫が生息するマコーリー鉱山へ。そこである人物が寄生虫を鉱山から外に持ち出していたと分かる。

第3話 絆と刃 THE CORD AND THE AX

マコーリー家の娘クリスティはター家の息子アラクの子供をお腹に身ごもったが、アラクは地球共和国によって収容所に入れられた父親デイタクに対し、関係を修復できずにいた。イリサが自分の肉体に起きた変化をますますコントロールできなくなる中、リベラッタ人のバーティが行方不明になってしまう事件が起きるが…。

第4話 背負うべき重荷 BEASTS OF BURDEN

ポッティンジャー臨時市長と部下のベルリンは地球共和国の採掘機をディファイアンスに運ぶ途中、マスクをかぶった謎の4人組に襲われて採掘機を奪われてしまう。襲撃犯のリーダー格は意外な人物だった。事件を機にポッティンジャーは隠し続けてきた自分の過去を振り返り、アマンダはそんなポッティンジャーに同情するが…。

第5話 癒えない心 PUTTING THE DAMAGE ON

アマンダは入浴中、男に襲われるが、ノーランたちがいくら調べてもそうした事実はなく、アマンダが幻覚を見たと思われる。そんなアマンダは、再び幻覚を見ると急に姿を消してしまう。ノーランと共にアマンダを捜すポッティンジャーは、過去の記憶をもうひとつ思い出す。一連の事件には、ある装置から放たれた粒子が関係していた。

第6話 女の務め THIS WOMAN'S WORK

地球共和国のメルカード総督がディファイアンスを訪ね、もうすぐ宇宙から墜落する物資“アーク”を回収するよう命じる。アークには無限エネルギーのセルレウムが積載されているという。ノーラン、ポッティンジャーは現地に向かうが、アークに積まれていたのは光の玉のようなヴォータンの生命体グラニーで、捜索隊は危機に…。

第7話 瞳の魔力 IF YOU COULD SEE HER THROUGH MY EYES

デイタクは、ター家の使用人の女性の目がくり抜かれた遺体を見つけ、デイタク、スターマ、レイフはそれぞれに犯人を捜し、自分たちの方法で復讐しようとする。一方、イリサはスピリットライダーのリーダーだったスーカーを捜す女性リンと再会するが、直前にイリサはリンと街にやって来た男性カイをビジョンの中で見ていた。

第8話 選ばれし者たち SLOUCHING TOWARDS BETHLEHEM

メルカード総督からノーランに、ニューヨークに仕掛けられた核爆弾が12時間で爆発するという情報が。ノーランたちは“欲望の館”で働いていたヴォータン共同体のスパイ、マスーバスを尋問するが、アマンダは妹ケニヤを誘拐したという人物からマスーバスを連れて来るよう脅される。切羽詰まったアマンダの選択は…!?

第9話 思い出の残像 PAINTED FROM MEMORY

奇跡的に生還したケニヤだが、記憶の一部を失っていた。彼女に何が起きたのか。ノーランが捜査に取りかかる一方、自分がケニヤを殺したとすっかり思い込んでいたスターマは衝撃を受け、ケニヤがそのことを思い出さないか恐れながら、埋めたはずのケニヤの遺体を捜す。異常事態の背後ではポッティンジャーとドクター・ユールが暗躍していた。

第10話 地の底で BOTTOM OF THE WORLD

地球共和国のテネティ大使がディファイアンスを訪ねて来て鉱山を視察するが、そこで坑道が崩落し、ノーラン、ベルリン、イリサは脱出するが、アマンダとポッティンジャーは中に閉じ込められてしまう。ノーランは崩落が事故ではなく、何者かが大使を狙った計画的テロだと考えるが、まずはアマンダたちの救助をレイフらとめざす。

第11話 壊れた人形 DOLL PARTS

“欲望の館”のある売春婦が何者かに殺される。テラスフィアを盗んで失踪したイリサを捜すノーランに代わってアマンダやベルリンが捜査に乗り出すが、売春婦は自分と関係を持ったアラクが彼女を脅しているという証拠になる盗み撮り映像を残していた。アマンダはアラクを疑うが、実は真犯人は別におり、それは意外な人物だった。

第12話 終末の前夜 ALL THINGS MUST PASS

潜伏を続けていたドクター・ユールはカジーリを見つけるが、カジーリは再びテラフォーミングを起こし、世界を滅亡させるようプログラミングされていた。暴走を続けるイリサはトミーにまで危害を加えてしまい、ノーランは森からディファイアンスにトミーを連れて帰ろうとする。そして宇宙空間では誰も予想しなかった動きが……!?

第13話 運命の日(最終話) I ALMOST PRAYED

都市が次々と破壊される人類滅亡の危機で、カジーリに操られたイリサをめぐってディファイアンスの人々は激しく対立。ノーランは殺されかけたイリサを救うと、鉱山の地下にある“オールド・セントルイス”にあるカジーリに潜入しようと挑む。ター家とマコーリー家の人間関係にも決定的変化が。人類の運命はどうなるのか――!?